Orchideen sind manchmal durch ihre Farbe und Form auffallend, manchmal jedoch völlig unscheinbar und nur schwer zu erkennen. In ihrer Standortwahl sind sie wählerisch, trotzdem findet man sie in verschiedenartigsten Lebensräumen. Bleiben diese frei von Veränderungen, lassen sie sich auf trockenen sowie feuchten Böden, auf Mooren, in Wäldern und auf Magerrasen bis hinauf in die Bergregion, nieder.

Orchideen gehören zu den seltensten und daher streng geschützten Pflanzen Österreichs. Grund für die Gefährdung ist der Verlust an geeigneten Lebensräumen. Der Naturpark Niederösterreichische Eisenwurzen ist mit seinen naturnahen Wäldern, Trockenstandorten und Flachmooren eines der letzten Refugien für eine besonders große Vielfalt an Orchideen.

In den durch Felsen geschützten Urwaldresten und totholzreichen Naturwäldern leben seltene Spechtarten wie Schwarzspecht, Grauspecht und Dreizehenspecht. Die Höhlen der Spechte besiedeln wiederum Kauzarten wie Waldkauz, Rauhfußkauz und Sperlingskauz, der als der kleinste Kauz Österreichs bekannt ist. 

Die steilen Felsen werden von Felsenbrütern wie Wanderfalke oder Kolkrabe besiedelt. An den schnell fließenden Bächen kann man Gebirgsstelze und Wasseramsel beobachten, wenn sie auf die Suche nach Kleinlebewesen am Bachgrund gehen. In den höheren Bergwäldern und auf den Almen kann man auf den Auerhahn treffen und über den alpinen Gipfel kreist mitunter sogar der Steinadler. Als sehr heimlicher Naturgast gilt der Schwarzstorch, der zu den größten Brutvögeln Österreichs zählt.

Eine große Besonderheit im Naturpark ist seine ausgeprägte Raubtierfauna. Braunbär und Luchs zählen wohl zu den seltensten Raubtierarten Europas und durchstreifen wieder seine tiefen, einsamen Wälder. Dies spricht nicht nur für die gute Ausstattung der Natur, sondern auch für die Einstellung der Bevölkerung, die diesen beiden Arten sehr positiv gegenübersteht.

Eine weitere Seltenheit stellt die Ameisenkolonie im Naturpark dar, die als eine der größten Europas unter strengem Schutz steht. In den urigen, totholzreichen Buchenwäldern und im Bereich der Wald-Flachmoore, Wiesen und Waldränder leben eine Vielzahl weiterer geschützter Insektenarten.

Die Tierwelt des Naturparks bietet darüber hinaus noch viele Überraschungen. So darf man sich nicht wundern, wenn man im Hammerbachtal auf den Alpensalamander trifft, am Scheibenberg ein Wespenbussard kreist oder an strengen Wintertagen ein Kormoran am Ybbsufer sitzt.